Até 1991, onde é edificada a cidade de Juarina, segundo moradores antigos, era a sede da Fazenda Juarina, de propriedade do Senhor Carlitão. Devido às grandes dificuldades de acesso e distância das cidades mais próximas: Couto de Magalhães, Colinas do Tocantins e Conceição do Araguaia no Pará, além da falta de escolas para os filhos, os habitantes da Fazenda e outras pessoas vindas de outras localidades, resolveram tomar posse de glebas de terras dentro da área da Fazenda Juarina e região, com a finalidade de sensibilizar as autoridades no sentido de regularizar a situação das terras, e ali fixaram suas moradias, alcançando assim, melhores condições de vida para as suas famílias.
Durante um bom período houve muitas lutas em resistência por parte do proprietário da Fazenda até que as autoridades resolveram dividir a Fazenda em pequenas glebas e entregar definitivamente aos que ali já ocupavam. A partir daí, tudo ficou mais fácil, pois a tranqüilidade já reinava naquela localidade e com o esforço total dos habitantes, fundaram a primeira escola, ainda na zona rural, com o nome de Escola Municipal Menino Jesus, sendo sua primeira professora a Sra. Elizamar Ribeiro Rodrigues, considerada uma das fundadoras da cidade.
A partir de 1991 os moradores mais próximos da sede da Fazenda tiveram a idéia de formar naquele lugar, um povoado, foram eles os primeiros idealizadores do movimento: José Pereira da Silva (Petico), principal fundador, Osmar Ribeiro de Souza, Elizamar Ribeiro Rodrigues (Professora), José Dário Peixoto de Alencar, João Rodrigues de Paula (Pastor evangélico), Ademar da Silva Machado e Cícero Abílio. Lançaram a idéia e começaram a trabalhar, desenvolvendo campanhas no sentido de atrair moradores, além do empenho dos representantes políticos no sentido da criação do município. Através do Art. 18 do Ato das Disposições Constitucionais Transitórias foi criado o Município com o nome de Juarina, a ser desmembrado do município de Couto de Magalhães, passando assim a ter autonomia política e administrativa, e através da Lei n° 251 de 20/02/1991 foi definido os seus limites e confrontações. Juarina nasceu da luta pelo direito da terra e o topônimo vem da Fazenda que teve este nome devido ao Rio Juarí, localizado próximo a cidade.
O município foi instalado em 01/01/1993 tomando posse o primeiro prefeito eleito o Sr. Cícero Alves da Costa e Vice- Prefeito o Sr. Rafael Saraiva da Rocha. Juarina comemora de 03 a 12 de outubro festa em louvor a sua Padroeira Nossa Senhora da Aparecida.
Distante da Capital federal, Brasília, 1242 Km e da Capital Estadual, Palmas, 390 Km.